شیوه تحققي علم البته در کمال استحکام و اعتبار است ، ولیکن گوست کنت در این باب به راه افراط رفته و بر عقاید او اعتراض و انتقاد هم بسیار شده ، و بعضی از آنها حق است ، مثلا گفته اند ، شیوه علوم تحققی را بیش از حد لزوم بسط داده تا آنجا که امور اخلاقی و دینی را هم از آن خارج نکرده است ، و رویهمرفته طبقه بندی او از علوم نه کامل است نه بروجه صحیح است ، چنانکه مباحث مختلف روانشناسی را در ضمن جانشناسي وعلم مدنیت مندرج ساخته ، و جزء علوم شماره نکرده وقتی مستقل ندانسته است ، از آن رو که معتقد نبوده است که در نفس و قوه عقل بتوان مطالعه درونی کرد ، و می گوید : در صورتی که ما همه امور را به عقل می سنجیم عقل را بچـه می توانیم بسنجیم ؛ و نیز علوم را از یکدیگر بر جدا دانسته وحـد وسطی میان آنها قائل نشده است ، به سبب اینکه به تحول موجودات معتقد نبوده و انواع را بکلی از یکدیگر متمایز پنداشته است ، رحال آنکه دانشمندان امروزی معتقدند به اینکه میان موجودات جاندار ر بیجان و همچنین میان گیاهها و جانوران حدود فاصل قطعی نمی توان یافت ، و نیز می دانیم که قوه الكتريك و نور و حرارت همه يك منشأ دارند ، واز خطاهای بزرگ اگوست کنت اینست که ، زیاد عملی شده وعلم را منحصر به اموری دانسته است که بود دنیوی آشکار دارد ، مثلا جستجو از احوال درونی ستارگان و تحقیق در عوالم ماوراء عالم شمسی ، و تفتیش در ساختمان درونی جسم واجزاء خرد ناپیدای آن ، و دنبال کردن از موجودات ذره بینی و فرضهای بزرگ علمی از قبیل فرض لاپلاس در هیئت عالم ، وفرض لامارك در نشو و ارتقای جانداران ، و مانند این مسائل را بیهوده شمرده و از دایره علم بیرون پنداشته است .
این اعتراضات به جای خود ، ولیکن اصولی که اگوست کنت برای علم اختیار کرده امروز هـم مقبول ومسلمست ؛ یعنی از طرفی دانشمندان شك ندارند که در علم باید به شیوه تحققی پیشرفت، و از طرف دیگر بنیادی که او برای طبقه بندی علوم پیشنهاد کرده مصدق
