به بهانههائی بقفقاز ایران حملهور شد. روسها از فرانسه بریده به انگلیسها پیوستند، در این صورت انگلیسها دیگر از حمله روس و فرانسه بهند وحشتی نداشتند. این بود که ایران را بکلی از نظر انداخته و گذاشتند روسها آنرا خفه کنند.
شجاعالملک برادر زمانشاه عدهٔ قشون دور خود جمع نموده چندین بار با شاه محمود جنگ کرد و شکست خورد. بالاخره بر شاه محمود غلبه نموده او را مغلوب کرد و شاه محمود تسلیم شجاعالملک شد و خود را بپای او انداخت. شجاعالملک از سر تقصیر او درگذشت و خود لقب شاهی گرفته بشاه شجاع معروف شد و پادشاه افغانستان گردید. سال ۱۲۱۷ هجری (۱۸۰۳ میلادی)[۱]
از این تاریخ ببعد افغانستان مرکز فساد برای ایران میشود و همیشه درصدد است که امراء خراسان را تحریک نموده اسباب فتنه و اغتشاش آن ایالت را فراهم نماید. افغانها نه تنها امراء خراسان را تقویت میکردند که علم طغیان را بر علیه دولت ایران برافرازند بلکه متنفذین ترکستان را هم محرک میشدند که علیه دولت ایران قیام نمایند. از این ببعد دیگر از طرف ایالت خراسان خیال راحت نداشت.
اینک قضایائیکه از این تاریخ ببعد در ایالت خراسان و افغانستان روی داد بطور خلاصه ذکر خواهد شد.
پس از غلبه شجاعالملک بر شاه محمود فرستادگانی افغانی آمده قیصر میرزا را نیز از ایران بردند. پادشاه ایران نیز چون از شاه محمود بیوفائی دیده بود قیصر میرزا را بکمر خنجر مرصع و شمشیر مکلل بجواهر مخلع و با سازی و ابهتی شایسته روانه فرمود و فرامین قضا آئین بامراء افاغنه و خراسان در تقویت وی مرقوم و روانه کابل شد.[۲]
از سال ۱۲۱۸ هجری (۱۸۰۳ میلادی) ایران گرفتار کشمکش روسها میگردد و تمام هم آن صرف جنگهای قفقاز میشود، چه اتحاد روس و انگلیس علیه ناپلئون،