محمود چون قوه مقاومت نداشت کسان خود را برداشته فرار اختیار میکند و بدربار شهریار ایران پناهنده میشود. فتحعلی‌شاه در حق شاه محمود و همراهانش محبت نمود و برای آنها مهماندار معین کرد و در کارشان برای آنها منزل و محل معین نمود تا چندی در آنجا بمانند و قرار کار آنها را بدهد. طولی نکشید که بامراء خراسان حکم شد که با شاهزادگان افغانستان کمک کنند تا ایشان بمملکت موروثی اجداد خود رفته در آنجا آسوده باشند. شاهزاده محمود از کاشان حرکت نموده بشهر یزد رسید و برادر خود فیروزالدین میرزا را در آنجا گذاشته خود روانهٔ خراسان گشت. امیرحسن‌خان طبسی و امیرعلیخان عرب با لشکر خود از راه قاینات طریق فراه گرفتند که قندهار را تسخیر کنند.
قیصر میرزا پسر شاه زمان که والی هرات بود از قصد آنها آگاه شد در فراه جلو آنها را گرفت و جنگ در گرفت و قیصر میرزا شکست خورد و فراه بتصرف شاهزاده محمود در آمد. در این زمان استعداد شاهزاده محمود زیاد گشته بقصد تصرف هرات عازم شد و آن شهر را محاصره نمود و پس از چندی باغوای قیصر میرزا و کسان و اطرافیان شاهزاده محمود از دور او پراکنده شدند. امیرعلیخان چون این بدید مردم خود را برداشته راه قاین پیش گرفت و شاهزاده محمود بفراه فرار نمود و از آنجا پسر خود کامران را به یزد فرستاد و او باتفاق عموی خود فیروزالدین بطهران آمدند و قضایا را بعرض فتحعلی‌شاه رسانیدند و شاهزاده محمود هم چندی متواری بود. بالاخره بطهران رسید و برحسب فرمان شهریار ایران در سرای آصف‌الدوله الهیارخان منزل نمود.
این ایام مصادف با آن اوقاتی است که مهدیعلی‌خان بهادر جنگ از طرف کمپانی شرقی انگلیس که در این ایام مشغول بسط نفوذ انگلیس در هندوستان بود برای تحریک فتحعلی‌شاه بر ضد افاغنه بطهران رسید که شرح آن در مقدمه گذشت و پس از آن رسالت سر جان ملکم شروع میشود که ایرانرا کاملا بر ضد افغانستان بر انگیخت و خیال انگلیسها را از خطر زمان‌شاه پادشاه افغانستان آسوده گردانید.
