که دارای سمت مزبور بود بواسطه ارتباطش با میرزا ملکم خان ناظم الدوله مواجبش را قطع نموده بالقبش به میرزا جواد خان برادر وی که از کارمندان عالی رتبه وزارتخارجه و در سال ۱۳۰۶ ه.ق. کاردار سفارت ایران در اسلامبول بود دادند و بجای وی مامور آذربایجان نمودند و پس از همه این کارها میرزا یوسف خان را مغلولا به قزوین برده در آنجا زندانی کردند. اعتماد السلطنه در یادداشت های روزانه خطی خود (۲۱ ذیحجه ۱۳۰۸ ق.) مینویسد:
«بواسطه راه داشتن میرزا یوسف خان مستشارالدوله با میرزا ملکم خان مواجبش را قطع نموده با لقبش به میرزا جواد خان (برادر میرزا یوسف خان و پدر صادق مستشارالدوله و شوهر خواهر حاج شیخ محسن خان معین الملک مشیر الدوله بوده است.) دادند و مامور آذربایجان کردند خود میرزا یوسف خان را زنجیر نموده به قزوین بردند. امین الدوله با کمال خصوصیتی که با میرزا یوسف خان داشت ممکن بود کاغذ او را که پست آورده بود نگذارند به نظر شاه برسد، این پیرمرد را آخر عمر به زنجیر و حبس گرفتار کند.» و نیز مینویسد: « ۷ رمضان ۱۳۰۹ : میرزا یوسف خان مستشار که در ذیحجه گذشته (ده ماه پیش) از تبریز بآن افتضاح آوردند به قزوین حبس فرستادند این روزها مرخص نموده امروز وارد تهرن نمودند، خانه مهندس الممالک است.» میرزا یوسف خان مستشار الدوله همیشه از دستگاه دولت و بدیاد گری عمال آن سخت انتقاد میکرد، چندین بار رنج زندان و تبعید کشید و سرانجام در سال ۱۳۱۳ ه.ق. درگذشت. نامبرده تالیفات زیادی دارد از آن جمله است: رساله یک کلمه که اقتباس شده است از اصول قانون اساسی فرانسه، معروف است هنگامیکه او را زنجیر کرده به قزوین تبعید و زندانی کردند کتاب یک کلمه را آنقدر بر سرش کوفتند که بر اثر عوارض آن چشمانش آب آورد.
